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  1. RNA -seq Intro

  2. 很好的ngs入门简介,介绍了RNA-seq
  3. 所属分类:讲义

    • 发布日期:2015-04-21
    • 文件大小:3mb
    • 提供者:xiaofei_iseq
  1. RNA-seq流程

  2. 苏州大学现代统计与生物信息学课程内容,实现RNA-seq流程的报告,使用hisat2+stringtie+ballgown流程
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2017-04-23
    • 文件大小:4mb
    • 提供者:qq_29300341
  1. RNA-seq数据分析实用方法(2015)

  2. RNA-seq数据分析实用方法,包含了RNA-seq数据分析的各个方面。
  3. 所属分类:医疗

    • 发布日期:2018-10-11
    • 文件大小:10mb
    • 提供者:weixin_41960569
  1. 基于双加权法的RNA-seq数据的标准化

  2. 基于双加权法的RNA-seq数据的标准化,吴小惠,赵闯,不同实验条件下高通量测序数据的标准化是整个高通量数据分析与处理的重要部分,是进行基因结构识别和差异表达分析的前提与基础,
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-02-26
    • 文件大小:394kb
    • 提供者:weixin_38695159
  1. 基于肿瘤RNA-Seq数据识别融合基因的算法研

  2. 基于肿瘤RNA-Seq数据识别融合基因的算法研,陈琦,陈晓平,融合基因是指因染色体异常导致的两个独立基因拼接融合所形成的嵌合基因,其与癌症的发生有着重要的联系,检测融合基因为癌症的诊
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-01-02
    • 文件大小:254kb
    • 提供者:weixin_38718690
  1. RNA-seq、FPKM和Cuffdiff

  2. RNA-seq RNA-seq即转录组测序技术,是将细胞内mRNA,nonconding-RNA等RNA或其中一些提取出来利用高通量测序技术进行测序和分析的技术,RNA-seq分析的主要目的是分析RNA对应基因的表达量。 RNA-seq的主要步骤如下:分离RNA——将RNA打断成小片段——RNA反转录为DNA,此后测序手段同DNA测序。 更详细步骤可参考: https://www.jianshu.com/p/d09e624efcab 前文提到RNA-seq的主要目的是得到RNA对应基因的表达丰度
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-01-06
    • 文件大小:439kb
    • 提供者:weixin_38741966
  1. 半监督特征提取,用于RNA-Seq数据分析

  2. 半监督特征提取,用于RNA-Seq数据分析
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-24
    • 文件大小:281kb
    • 提供者:weixin_38600460
  1. SOAPfuse:一种从配对末端RNA-Seq数据中识别融合转录本的算法

  2. SOAPfuse:一种从配对末端RNA-Seq数据中识别融合转录本的算法
  3. 所属分类:其它

  1. 一种基于RNA-Seq的基因组注解评估方法

  2. 一种基于RNA-Seq的基因组注解评估方法
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-19
    • 文件大小:128kb
    • 提供者:weixin_38722329
  1. 一种基于概率模型的RNA-Seq数据分析方法

  2. RNA-Seq是基于高通量测序技术对转录组进行研究的实验技术,该技术正成为分析基因表达水平的重要实验手段。真核生物中普遍存在的选择性剪切导致从RNA-Seq读段到参考序列存在剪切异构体多源映射,并且读段在参考序列上呈非均匀分布,这都给剪切异构体表达水平的计算带来挑战。本文基于文本数据与RNA-Seq数据在结构上具有的高度相似性,将文本数据分析中流行的概率模型LDA应用于RNA-Seq数据分析,设计了NU-LDA模型以测量读段在非均匀分布情况下基因和剪切异构体的表达水平。通过采用真实实验数据进行验
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-16
    • 文件大小:449kb
    • 提供者:weixin_38569166
  1. Basic-RNAseq-analysis-pipeline:本指南旨在演示RNA-seq分析流程以及差异基因表达检测背后的基础统计分析-源码

  2. 生物信息学基本实践 癌症基因组学相关 您可以搜索并了解一些背景知识,然后再开始执行此操作, 尝试理解和解释以下概念: 中央教条 外显子 内含子 基因 基因表达(是相对值还是绝对值?) 单核苷酸多态性 种系突变和体细胞突变 用自己的话解释高通量排序(如照明)的原理。 fastq文件和gtf文件的格式是什么? 用您自己的语言介绍TCGA数据库。 使用数据库和在线工具进行分析 第0部分:TCGA,cBIportal,GEPIA2应用 编码惯例 第0.5部分:LINUX和实践第一部分:RNA-
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-14
    • 文件大小:510kb
    • 提供者:weixin_42165508
  1. yeast_data:酵母RNA-seq数据分析-源码

  2. yeast_data:酵母RNA-seq数据分析
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-13
    • 文件大小:631kb
    • 提供者:weixin_42172972
  1. 基于限制性Boltzmann机和RNA-seq数据鉴定亨廷顿舞蹈病相关基因

  2. 基于限制性Boltzmann机和RNA-seq数据鉴定亨廷顿舞蹈病相关基因
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-12
    • 文件大小:281kb
    • 提供者:weixin_38741966
  1. 使用基于模型的框架从RNA-seq数据中定量环状RNA表达

  2. 使用基于模型的框架从RNA-seq数据中定量环状RNA表达
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-12
    • 文件大小:552kb
    • 提供者:weixin_38570202
  1. circrna:circRNA定量,差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据-源码

  2. RNA-Seq数据中circRNA的定量,差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。 介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线,用于定量,miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析(当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据,已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37, GRCh38 v34)。 pipleline已以模块化方式开发,除了circRNA定量外,还允许用户选择miRNA靶标预测,差异表达分析(或两者),以促进围绕circ
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-11
    • 文件大小:990kb
    • 提供者:weixin_42154650
  1. GTEx_exploration:来自基因型组织表达项目的RNA-seq数据分析包含自闭症相关重复扩展的基因-源码

  2. GTEx_exploration 基因型组织表达项目的RNA-seq数据分析包含自闭症相关重复序列扩展的基因。 该项目的背景是一项遗传研究,由Trost B.等人在《自然》杂志2020年发表(Trost B,Engchuan W,Nguyen CM,Thiruvahindrapuram B,Dolzhenko E,Backstrom I等人。自闭症中扩增的DNA重复序列,自然[互联网],2020年; 586(十月),可从以下网站: : 。 这项研究显示,在自闭症患者中发现的55个不同基因
  3. 所属分类:其它

  1. 通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态

  2. 背景:转录因子(TFs)和组蛋白修饰(HMs)之间的相互作用在基因表达的精确调控中起着重要作用。 这些相互作用的背景特异性以及其在正常和疾病中的动态还很大程度上未知。 基因组学技术的最新发展实现了通过RNA-seq进行转录谱分析和通过ChIP-seq进行蛋白质结合谱分析。 对这两种类型数据的综合分析使我们能够从基因组共定位和下游靶基因表达中研究TF和HM的相互作用。结果:我们提出了一条整合管道,以探索55个TF和11个HM的共定位。 ENCODE提供的相匹配的ChIP-seq和RNA-seq数据
  3. 所属分类:其它

  1. covid-quantification:量化COVD-19感染RNA-Seq样品的管道-源码

  2. 人类基因和SARS-CoV-2转录本的RNA-Seq定量管线,使用的是烟管和蛇形 这条管线使用鲑鱼量化RNA测序样品和编译探索性分析的转录物的TPM与这个工作流程中,所述的最终输出文件results_TPM.tsv ,可以直接导入在MetaOmGraph与元数据文件一起。 建立conda环境 请安装conda 运行conda env create -f env.yaml 激活环境: conda activate pyrpipe_covid 准备参考数据 要下载使用的参考数据,请运行以下命令
  3. 所属分类:其它

  1. 寻找RNA:全面的质量控制和定量RNA-seq流程-源码

  2. 寻求RNA 用于分析RNA序列数据的开源,可复制和可扩展的解决方案。 目录 2.1 2.22.32.4 3.13.2 3.3 1.简介 RNA测序( RNA-seq )具有广泛的应用。 这种流行的转录组分析技术可用于定量基因和同工型表达,检测其他剪接事件,预测基因融合,调用变体等等。 RNA-seek是一个全面的开放源代码RNA-seq管道,它依赖于诸如和来保持最高水平的可重复性。 该管道包括由精心策划的一系列数据处理和质量控制步骤, 是一种灵活且可扩展的工作流管理系统,用于将作业提交给集群
  3. 所属分类:其它

  1. celltypes:用于反卷积RNA-seq的项目文件-源码

  2. 用于反卷积RNA-Seq的项目文件。
  3. 所属分类:其它

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