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搜索资源列表

  1. scRepertoire:单细胞免疫分析的工具包-源码

  2. 曲目 单细胞免疫分析的工具包 介绍 单细胞测序是免疫学和肿瘤学领域的一项新兴技术，它使研究人员能够将RNA定量和其他方式耦合在一起，例如在单个细胞水平上对免疫细胞受体进行谱分析。 已经创建了许多工作流程和软件包来处理和分析单细胞转录组数据。 这些程序包使用户可以利用在基于单细胞的实验中生成的数据的广阔维度，并将数据提炼成新颖的见解。 与转录组领域不同，缺少允许单细胞免疫受体分析的软件选项。 为了使用户能够轻松地将RNA和免疫分布图结合起来，scRepertoire能够处理从10倍基因组学Chro

  3. 所属分类：其它

  1. sgp2:通过比较两个不同物种的匿名基因组序列来预测基因-源码

  2. sgp2:通过比较两个不同物种的匿名基因组序列来预测基因

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：452kb
    • 提供者：weixin_42104778

  1. metagenome-read-mapping-源码

  2. 元基因组阅读映射 此回购正在进行中。目的是比较将宏基因组学读物映射到参考数据库的不同方法。 数据已使用此工具进行了模拟 要运行snakemake工作流程，请执行以下操作： snakemake --use-conda

  3. 所属分类：其它

  1. compPopGen_ms:与艾里森·舒尔茨（ajshultz）和蒂姆·萨克顿（tsackton）合作进行的较大分析得出的MK管道的最终版本-源码

  2. 可重复的工作流程，用于比较种群基因组学 稿件存储库

  3. 所属分类：其它

  1. BIOL5153:UARK生物学家编程-源码

  2. BIOL5153 该存储库用于BIOL 5153，《生物学家实用编程》，在这里我将提交本课程的作业。 Assn 03-使用pbs脚本在AHPCC Razor上运行BASH 分配03的文件在assn03.tgz中。 每个文件的简要说明如下。 1. plymale_assn03.1 *是pbs脚本，并合并标准输出和标准错误，用于西瓜nad4L基因与由相同基因制成的数据库的BLASTN比较。 2. plymale_assn03.2 *是pbs脚本，并合并标准输出和标准错误，用于西瓜nad4L基因与

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：182kb
    • 提供者：weixin_42139871

  1. lsh_scripts-源码

  2. 访问用于CONSULT基准测试的数据 该存储库包含摘要数据表和我们用来处理它们的脚本。 受控距离 包含针对每个CONSULT，Kraken-II，CLARK，CLARK-S和Bowtie的每个bin计算的召回和误报信息。 它是的输入，以生成图2a中所示的曲线。 包含用于工具性能比较的CONSULT，Kraken-II，CLARK，CLARK-S和Bowtie的运行时间和内存数据。 该表用作的输入，以生成图2b中所示的条形图。 新型基因组 包含针对默认数据库（针对GTken，TOL和Krak

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：20mb
    • 提供者：weixin_42101384

  1. 2021_pms_mt-源码

  2. 2021_pms_mt 该存储库包含用于对...的比较分析中使用的脚本。 download_mt_genomes_gc_hist 包含Snakefile是下载与efetch > 700个真菌基因组的MT，使每个MT基因组的GC含量直方图。 GenBank登录号和mt基因组的其他信息位于TSV文件table_mt_genomes.txt 。 转到此目录并运行： snakemake -j 1 --use-conda 下载所有这些文件可能需要一段时间。 您可以尝试调整线程数（ -j ）以使

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：169kb
    • 提供者：weixin_42132359

  1. mismatchfinder-源码

  2. ＃一般说明 该程序分析大型基因分型数据。 特别是，它检查母子之间的数据是否不匹配。 该程序用Java编码，使用Apache POI处理Excel（以及Calc）文件。 认为输入大小是n乘以m，n是个人数量，m是场所的数量。 该算法以线性方式进行，将同胞的基因组与母亲的基因组进行比较。 因此，它以最佳时间O（nm）运行。 可以对实际运行时间进行一些小的改进，但是目前不需要。 内存使用量受O（m）限制。 本自述包含两个部分： 开发该程序的环境； 如何执行程序并读取结果。 ##基因分型语境 有待

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：15mb
    • 提供者：weixin_42157188

  1. Comparison_GO_annotation_systems:该存储库提供有关蛋白质序列的所选GO分类器之间进行比较的相关信息-源码

  2. 由于最近的高通量测序技术，蛋白质功能预测是基因组注释的关键部分，已经得到了突飞猛进的发展。 在存储蛋白质功能术语的可用数据库中，基因本体论（GO）是用于描述功能特性的最杰出和最普遍的资源。 同时，深度学习是数据驱动方法中快速发展的学科，在对氨基酸序列的GO术语进行分类方面正发挥着令人印象深刻的潜力。 因此，我们想对蛋白质的计算GO注释方法（从传统方法到深度学习方法）进行综述。 在经过审查的工具中，我们选择一些合适的预测变量，并进行小型比较，以基于全球挑战的方式比较它们的性能。 最后，我们讨论了仍

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  1. hogtie-源码

  2. HoGTIE（水平基因转移识别引擎） 最初被认为仅广泛存在于原核生物中，最近的研究表明整个生命树中普遍存在水平基因转移（HGT）。 HoGTIE结合了基于k-mer的系统发育比较和系统发育比较，以鉴定受体物种中含有HGT的基因组区域和序列。 开发中 HoGTIE正在积极开发中。 如果您想签出代码或对代码有所贡献，可以通过以下方式在本地安装hogtie： # coming soon... # conda install hogtie -c conda-forge -c bioconda # f

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：23kb
    • 提供者：weixin_42134338

  1. bacannot:用于原核基因组注释的通用管道-源码

  2. 细菌注释（bacannot）管道 Bacannot是易于使用的基于docker的nextflow管道，该管道采用最新软件进行原核基因组注释。 它是围绕几种工具的包装，使您可以更好地了解原核基因组。 它用： 用于通用注释 rRNA预测的 用于在多基因座序列类型（ST）中进行分类的 for KO批注 用于绘制KO注释 用于甲基化注释 用于基因组浏览器生产 的注释合并 用于绘制基因组岛 用于抗菌基因注释的 ， ， 和 数据库， 和用于序列和基因预测 用于基因组岛预测 用于计算机质粒检测的和

  3. 所属分类：其它

  1. BIC-源码

  2. tRic（癌症中的tRNA） 使用权 可以在我们的和上访问该网站。 介绍 转移RNA（tRNA）在蛋白质翻译过程中起重要作用，而tRNA表达的变化在肿瘤发生中起多种作用。 癌症中的tRNA（tRiC）数据库显示了31种癌症类型中的tRNA的全球表达格局，以及来自癌基因组图谱的10000多个样本。 在这里，我们系统地分析了在基因密码子和氨基酸水平以及功能后果（例如患者肿瘤分期，亚型和生存期）上的tRNA表达谱。 我们还尝试将tRNA的差异表达与肿瘤的翻译控制联系起来。 特征 搜索不同癌症类型中的t

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    • 发布日期：2021-03-06
    • 文件大小：110mb
    • 提供者：weixin_42121905

  1. 鲑鱼：使用选择性比对，可从RNA-seq读取物中进行高精度且快速的转录本水平定量-源码

  2. 试用alevin（鲑鱼的单细胞处理模块）！ 开始学习本 试用新的框架进行单细胞分析！ 帮助指导鲑鱼的发展， 预先计算的诱饵转录组 tl; dr：快速是好的，但是快速和准确的更好！ 尽管预先计算的诱饵（<= v.14.2）仍与最新的主要发行版（v1.0.0）兼容。 我们建议您使用完整的基因组更新索引，因为它可以提供更高的准确性。 有关更多信息，请在最新修订的预印本查看我们的广泛基准测试，以比较不同的比对方法及其在RNA-seq定量方面的性能。 请使用该的逐步指南，了解如何有效地索引参考转录

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  1. KGL_Gene：C ++种群基因组分析-源码

  2. KGL_Gene C ++人口基因组比较工具包 该软件已获得MIT许可，您可以出于任何目的使用或修改代码的任何部分。 该软件按“原样”提供，没有任何形式的担保或保证。 使用Fasta / Gff3 / VCF文件分析基因组种群中插入/缺失（Indel）和单核苷酸多态性（SNP）变异的工具包。 该工具包专门用于分析由疟原虫恶性疟原虫产生的血细胞膜蛋白（stevor，rifin，var和cleft）突变。 已经对该生物进行了广泛的测试。 该软件还支持其他生物，包括智人（您），并已用于分析最新（

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    • 发布日期：2021-02-26
    • 文件大小：656kb
    • 提供者：weixin_42104366

  1. AppliedGenomics2021：2021年Spring应用基因组学课程材料-源码

  2. JHU EN.601.749：计算基因组学：应用比较基因组学 教授： （mschatz cs.jhu.edu） TA： （arun.das jhu.edu） 上课时间：星期一+星期三 1：30p-2：45p（缩放）（有关链接，请参见） 沙茨办公时间：预约办公时间：星期一12-1pm，需要预约 本课程的主要目标是使学生具有理论基础，并让该课程有权进行独立的基因组分析。 我们将研究从原始测序数据开始的用于比较和分析基因组的领先计算和定量方法。 该课程将侧重于人类基因组学和人类医学应用，但是这

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    • 发布日期：2021-02-25
    • 文件大小：76mb
    • 提供者：weixin_42159267

  1. duck_comp_gen：at科专性亲虫和近缘种的比较基因组学-源码

  2. 鸭比较基因组学 作者： Sara Wuitchik（波士顿大学和哈佛大学博士后研究员； ） LaDeana Hillier（华盛顿大学基因组科学系； ） Chris Balakrishnan（东卡罗莱纳大学副教授； ） Wes Warren（密苏里大学教授； ） Jeff DaCosta（波士顿学院助理教授； ） 迈克·索伦森（Mike Sorenson）（波士顿大学教授； ） 蒂姆·萨克顿（Tim Sackton）（哈佛大学信息学集团生物信息学主任； ） 基因组装

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-25
    • 文件大小：45mb
    • 提供者：weixin_42127369

  1. 基因组比较码-源码

  2. 用于基因组比较分析的R脚本的集合 KM_reconstruction.R包含两个函数，这些函数允许通过KEGG API包恢复所有KEGG模块（KM）的图，并从带注释的KEGG Orthology（KO）表中重建KM完整性。 KMdiagram_fetcher允许检索图并将它们作为列表存储在RData对象中。 它使用并行化来加快获取过程，但不会超过6-7个实例，因为KEGG API中的瓶颈可能会导致错误。 KMreco使用检索到的图列表作为掩码，以给定带注释的KO表来评估每个KM的完整性。 输

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-24
    • 文件大小：162kb
    • 提供者：weixin_42111465

  1. Z-chromosome_analysis_hirundo：分析家燕中Z连锁和常染色体基因组变异的工作流程-源码

  2. 燕子Z连锁基因组变异的分析 以下是有关我们对燕子种群基因组中遗传多样性和分化的分析中的数据处理和分析步骤的详细信息，重点是Z染色体和常染色体的比较，以了解控制性别相关变异的机制和Z的作用物种中的染色体。 此工作流程是Schield等人中的描述的辅助工具。 （评论中）。 以下步骤取决于以下软件，并假定依赖项位于用户路径上： conda 微动 wa GATK（v3.8-1-0和v4.0.8.1） samtools / bcftools / htslib / bgzip / tabix vc

  3. 所属分类：其它

  1. svart：用于表示和操纵基因组变异的API-源码

  2. svart-（结构）变体工具 Svart是一个小型数据库，用于表示基因组变异和区域。 它试图解决几个常见问题： 坐标系一一错误 用一致的API表示VCF的小，结构和细分版本 不同的变体修剪策略 该库通过提供默认实现，可扩展的基类和接口以及不变的默认实现，为开发人员创建，处理和比较不同类型的变体提供了一致的API，开发人员可以利用这些默认实现从最少的代码中获得最大的实用性，而不必解决问题在生物信息学中，它们是重复代码和常见错误的常见来源。 该代码完全没有外部依赖项。 动机 它打算用作涉及基因

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：236kb
    • 提供者：weixin_42143806

  1. coge：CoGe（比较基因组学）平台-源码

  2. CoGe（比较基因组学）平台 CoGe是一个基于Web的平台，提供工具和数据库来协助生物学家进行比较基因组学研究。 安装 有关详细的安装说明，请访问： :

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：39mb
    • 提供者：weixin_42121754
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