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搜索资源列表

  1. singularity_bartender：Bartender v1.1，卡在用于生物信息学管道的奇异容器中-源码

  2. 该容器用于为某些生物信息学管道提供bartender 。 这样做的主要原因是它可以很好地流过Nextflow管道的SingularityHub。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：1024
    • 提供者：weixin_42116921

  1. 生物信息学-作业：“生物信息学”课程的作业-源码

  2. 生物信息学作业 我为生物信息学课程，尤其是基因组实验室的作业提供的解决方案。 每个文件夹均包含实验文本和Python建议的解决方案。 概要 实验室主题： 基因组数据的基本操作（随机FASTA文件生成器，统计提取，FASTA文件比较）和共识区域 使用动态编程进行全局和局部对齐 搜索单核苷酸多态性（SNP）及其缺失； 蛋白质编码基因的原始读取计数 T检验，用于差异基因表达分析； 使用基因表达数据的A型/ B型Luminal乳腺癌亚型分类器

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：719872
    • 提供者：weixin_42105169

  1. 脚本：生物信息学分析脚本-源码

  2. 生物信息学脚本 这是用于分析不同形式的生物信息学数据的脚本的集合。 要运行Python脚本，请确保将环境变量PYTHONPATH设置为该目录的根目录： export PYTHONPATH=/path/to/scr ipts 这是在脚本之间导入模块所必需的。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-11
    • 文件大小：18432
    • 提供者：weixin_42170064

  1. 生物信息学：处理遗传序列以从中获得相关信息的算法-源码

  2. 生物信息学（正在进行中） 该存储库是关于与生物信息学问题解决方案相关的脚本的。 每个脚本执行不同的功能，以便从基因组或生物学数据中分析和提取有价值的信息。 此处要考虑的问题分别来自加利福尼亚大学圣地亚哥分校的Coursera专业化课程和“生物信息学”和“生物学与程序设计：初学者的生物信息学”课程。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42102220

  1. yaqiangcao.github.io：我的笔记本用于算法，编程，表观遗传学，单细胞NGS，3D基因组和生物信息学-源码

  2. yaqiangcao.github.io：我的笔记本用于算法，编程，表观遗传学，单细胞NGS，3D基因组和生物信息学

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：weixin_42132598

  1. 2021年3月生物信息学R入门：生物学家基本R编程的简介。 无需数据分析经验！ 参与者将获得运行基本统计分析并在R中生成数字所必需的技能-源码

  2. 研讨会的所有文档最好从github.io页面上查看 生物信息学R简介3月12日，16日和19日，从2:00 pm到5:00 pm 组织者-生物信息学核心联系人-加州大学戴维斯分校生物信息学核心， ucdavis.edu 这个由三部分组成的在线研讨会在R上开启了生物信息学的良好开端。该研讨会为成功的生物信息学实验奠定了基础，包括RNA-Seq，单细胞RNA-Seq，表观遗传学等。 该研讨会包括三个半天的会议，结合了演讲和练习，对生物信息学R的基础知识进行了调查。 完成这些材料将使参与者能够从

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：5242880
    • 提供者：weixin_42097668

  1. easyBioScripts：解决简单的生物信息学问题的脚本-源码

  2. easyBioscr ipts 解决简单的生物信息学问题的脚本 clustercount.py Get the clusters output from cdhit, choosing the clusters with a certain number of sequences and producing a fasta file for each cluster. Used to produce fasta files that will be aligned with the clu

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：2048
    • 提供者：weixin_42131785

  1. 生物信息学-源码

  2. 生物信息学

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：1024
    • 提供者：weixin_42166623

  1. R中的统计方法和机器学习：这是一项旨在以幼稚的方式帮助理解统计方法和机器学习的计划。 您会发现阐明概念所需的脚本和理论内容，特别是对于生物信息学的学生-源码

  2. R的统计方法与机器学习 此回购协议的创建和组织旨在作为迷你指南，供没有或只有很少计算机科学背景（尤其是生物信息学）背景的学生使用，以使他们有一个总体思路并理解统计学的基本概念，从而为朝多元统计和最终的机器学习算法。 我们已经针对存储库中提供的路径编写了R脚本，并在脚本编写过程中使用了相应的csv文件。 下载我们的代码，在我们精心注释的脚本中查看该过程如何工作。 访问我们的 ，该旨在通过提供我们学习的各种来源以及我们在研究概念和脚本时所获得的实际结果的图像，来增强您对概念的理解。 我们试图确

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：weixin_42157188

  1. 实验室生物信息学：大学工作。 适用于长DNA序列的近似比对仪。 通过最小化器和MinHash从k-mers估计Jaccard相似度，然后将其用作序列身份代理-源码

  2. 将长读映射到大型参考数据库 这是FER（ ）上的生物信息学课程的一个项目。 描述实现算法的论文可以在 找到，其C ++实现。 随着作者对算法的改进，C ++实现似乎与本文的描述有所不同。 安装 该程序的依赖项全部捆绑在./pom.xml ，因此将自动下载。 您只需要在计算机上安装Maven。 从项目根目录运行mvn package应该足以将程序安装在./target下。 运行程序 该程序需要两个参数，即FASTA文件格式的引用和查询（提供的FASTA文件不应包含任何注释）。 您可以通过发出

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-06
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42153793

  1. bio_scripts：生物信息学实用，可重用的脚本-源码

  2. 生物脚本 实用，可重用的生物信息学脚本。 sequence tools for FASTA/Q files: fasta2tab, tab2fasta, fasta_extract_by_pattern, fasta_common_seqs, fasta_locate_motif, fasta_remove_duplicates, fastx_translate, fasta_gc_s

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：762880
    • 提供者：weixin_42127754

  1. ClusterFlow：一种流水线工具，用于自动化和标准化集群环境中的生物信息学分析-源码

  2. 用户友好的生物信息学工作流程工具 在找到包含信息和示例的Cluster Flow文档。 Cluster Flow是在高性能集群环境中自动化和标准化生物信息学分析的流水线工具。 它被设计为易于使用，快速设置和灵活配置。 群集流是用Perl编写的，通过将作业启动到群集来工作（也可以在本地运行）。 每个作业都是围绕感兴趣的生物信息学工具的独立Perl可执行包装。 模块收集大量的日志记录信息，并且“集群流”向用户发送电子邮件，其中包含管道命令的摘要以及完成后的退出代码。 安装 您可以在上找到要下

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42103128

  1. EBT：进化生物信息学工具包（EBT）-源码

  2. 进化生物信息学工具包 大量的脚本为序列数据的进化分析提供了计算帮助。 内容 。 您要在基础核苷酸序列上进行氨基酸比对。 。 您有两组或更多组序列，它们彼此对齐但位于单独的FASTA文件中，并希望识别这些组表现出差异的位点。 您希望将对齐的核苷酸FASTA文件中每个变量位置的每个核苷酸的数量（和比例）制成表格。 。 您要计算两个核苷酸序列之间的p距离。 。 您想对所有k-mers进行比对，以获得一个比对的序列及其基因。 。 您要确定对齐的核苷酸FASTA文件的共有序列和/或I

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：78848
    • 提供者：weixin_42107491

  1. 生物信息学的Perl入门：生物信息学的Perl入门·生物信息学Perl语言入门（中文版）-源码

  2. 生物信息学的Perl入门：生物信息学的Perl入门·生物信息学Perl语言入门（中文版）

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：62914560
    • 提供者：weixin_42100971

  1. Perl-for-Bioinformatics：尝试帮助有兴趣将Perl用于生物信息学的任何人-源码

  2. 用Perl编写的生物信息学工具 这里的大多数脚本是在我从事不同项目时编写的，我认为这对其他人将很有用，并且可以根据需要进行扩展/修改。 IO ::常规 脚本使用自定义 Perl模块。 请通过浏览目录查看安装说明。 如果要安装lncRNApipe Pipeline，则会自动安装IO::Routine模块。 需要Bio::SeqIO模块已安装且可用。 nc lncRNA管道 从头开始提取推定的新型lncRNA的管道，其中提供了从深度测序数据（例如：RNA-Seq）和注释数据组装而成的GT

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：340787200
    • 提供者：weixin_42178963

  1. organizing_bioinformatics_code_and_projects：组织生物信息学数据，结果和代码的指南-源码

  2. organizing_bioinformatics_code_and_projects：组织生物信息学数据，结果和代码的指南

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：9216
    • 提供者：weixin_42179184

  1. new_project：这是用于构建生物信息学项目的空存储库。 子文件夹将不同类型的文件分开：bin（代码），data（原始数据），doc（报告幻灯片），img（数据），日志和结果（输出）-源码

  2. new_project：这是用于构建生物信息学项目的空存储库。 子文件夹将不同类型的文件分开：bin（代码），data（原始数据），doc（报告幻灯片），img（数据），日志和结果（输出）

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：4096
    • 提供者：weixin_42119358

  1. 山核桃：预测生态系统分析仪（PEcAn）是一个集成的生态生物信息学工具箱-源码

  2. 我们的愿景 最佳可用数据和模型为生态系统科学，政策和管理提供了信息 我们的任务 开发和推广可访问的工具，用于可复制的生态系统建模和预测 什么是PEcAn？ 预测性生态系统分析仪（PEcAn）（请参阅 ）是一个集成的生态生物信息学工具箱（Dietze等，2013； LeBauer等，2013），它包括：1）科学的工作流程系统，用于管理大量的公众可用环境数据和2）贝叶斯数据同化系统，以在最新的生态系统模型中综合此信息。 这个项目的动机是，有关全球变化的许多最紧迫的问题并不一定受到收集新数据的需求以

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：60817408
    • 提供者：weixin_42171132

  1. hotmap：用于大数据和生物信息学的WebGL Heatmap Viewer-源码

  2. 热点地图 使用香草JS编写并使用构建的，用于生物信息学和大数据的WebGL热图查看器。 一些功能 平移，缩放，缩放和调整大小 拖放行/列 SVG下载 各种颜色/装箱选项[待扩展] 搜索 单元格/行/列选择 元/分类数据显示 更新API 翻转轴 可定制的工具提示 全屏按钮 为什么？ 我想创建一个易于使用的热图查看器，并将其缩放到数百万个单元格。 原型用法 全球 添加所需CSS / JS： [removed]</scr ipt

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：5242880
    • 提供者：weixin_42109925

  1. BIOLITMAP：牛津大学生物信息学中的论文“ BIOLITMAP：基于网络的生物信息学出版物的地理定位和时间可视化”的代码-源码

  2. BIOLITMAP：基于Web的生物信息学出版物演化的地理位置和时间可视化 描述 基于Web的生物信息学研究的地理定位和时间可视化的代码（BIOLITMAP）： ://socialanalytics.bsc.es/biolitmap/。 论文被牛津生物信息学接受。 目录结构 与2017年12月一样，在/ data中存储了BIOLITMAP SQL数据库的导出。 在/ scr ipts中，存储了用于NLP任务的工具 / scr ipts / src存储与NLP，聚类，主题建模和困惑分析任务相

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42116585
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