注册会员 | 设为首页 | 加入收藏夹
您好，欢迎光临本网站！[请登录] ！[注册会员]！  

搜索资源列表

  1. motif-mark-oop:卡带外显子图案可视化，面向对象-源码

  2. 图案标记oop motif_mark_oop.py脚本可将来自fasta文件的基因片段上的基序可视化。包含Fasta标头，外显子，基序和一般基因组的类。 概括 在被翻译成蛋白质之前，mRNA经历了剪接过程，以去除内含子并将外显子粘贴在一起。通常，mRNA可以被剪接，产生可能对某种细胞类型或功能具有特异性的同工型。选择性剪接可通过某些基序或短序列的存在来介导，其中调节剪接的蛋白结合或定位。该脚本的目的是快速可视化基因片段和基序的位置。 输入 包含内含子为小写而外显子为大写的基因的fasta文件

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：20kb
    • 提供者：weixin_42131013

  1. Basic-RNAseq-analysis-pipeline:本指南旨在演示RNA-seq分析流程以及差异基因表达检测背后的基础统计分析-源码

  2. 生物信息学基本实践 癌症基因组学相关 您可以搜索并了解一些背景知识，然后再开始执行此操作， 尝试理解和解释以下概念： 中央教条 外显子 内含子 基因 基因表达（是相对值还是绝对值？） 单核苷酸多态性 种系突变和体细胞突变 用自己的话解释高通量排序（如照明）的原理。 fastq文件和gtf文件的格式是什么？ 用您自己的语言介绍TCGA数据库。 使用数据库和在线工具进行分析 第0部分：TCGA，cBIportal，GEPIA2应用 编码惯例 第0.5部分：LINUX和实践第一部分：RNA-

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：510kb
    • 提供者：weixin_42165508

  1. motif-mark-oop:将过程代码转换为面向对象程序的练习-源码

  2. 图案标记（OOP） 一个在外显子及其5'和3'内含子图像上绘制蛋白质结合基序的Python脚本 最多可处理六个图案，其中可能包含简并碱基（IUPAC符号）。 以svg格式输出单个图形。 使用以下参数从命令行调用motif-mark-oop.py ： -f, --fasta FASTA file containing sequences of interest -m, --motifs Text file containing up to six motifs, one mot

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：18kb
    • 提供者：weixin_42127775

  1. motif-mark:盒式外显子基序可视化-源码

  2. 母题 该脚本可将来自fasta文件的基因片段上的基序可视化。 概括 在被翻译成蛋白质之前，mRNA经历了剪接过程，以去除内含子并将外显子粘贴在一起。 通常，mRNA可以被剪接，产生可能对某种细胞类型或功能具有特异性的同工型。 选择性剪接可通过某些基序或短序列的存在来介导，其中调节剪接的蛋白结合或定位。 该脚本的目的是快速可视化基因片段和基序的位置。 输入 包含内含子为小写而外显子为大写的基因的fasta文件 txt文件，每行包含一个主题，支持IUPAC歧义编码，不区分大小写 输出 SVG文件以f

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-06
    • 文件大小：19kb
    • 提供者：weixin_42170064

  1. CallVars：CallVars是一种自动的NGS工作流程，可将配对末端的样品FastQ直接带到感兴趣的少数临床相关变体（SNPs + Indels）-源码

  2. CallVars： CallVars是一个自动化，可复制且可扩展的Snakemake工作流程，它采用成对末端的FastQ文件，其中包含来自目标基因组的下一代测序（NGS）数据/读取以及来自Illumina机器的整个外显子组，直接进入导致高可信度疾病的过滤列表/相关变体进行临床评估，以进行疾病诊断/治疗或预测疾病风险。 该工作流基于准则，即针对单个样品的种系短变异发现（SNP + Indel），并使用基因组分析工具包（GATK）v4.1.9.0。 CallVars配置为使用“ config.y

  3. 所属分类：其它

  1. ExTraMapper：ExTraMapper是一种使用序列保守性在两个生物之间查找给定直系同源基因对的外显子和转录本水平定位的工具-源码

  2. ExTraMapper ExTraMapper是一种使用序列保守性在两个生物之间查找给定直系同源基因对的外显子和转录本水平映射的工具。 下图显示了ExTraMapper的总体示意图，该图描绘了人类和小鼠基因组之间的同源转录本和外显子对。 运行ExtraMapper 首先阅读所有配置参数 源config.conf 出口EXTRAMAPPER_DIR = $ EXTRAMAPPERDIR 设置提升最小匹配阈值 MAPPED_EXON_THRES = 1.0 输入基因对示例（BRAF） gene

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-23
    • 文件大小：669kb
    • 提供者：weixin_42160252

  1. EDM设置：ExomeDepthMod-源码

  2. **** 正在开发中 ***** 背景 是从外显子组测序数据中检测拷贝数变异（CNV）的最灵敏工具之一。 ExomeDepth是一个R包，在R / ExomeDepth中处理大型数据集是一个挑战。 为了解决此问题，EDM实现了ExomeDepth管道，并内置了两个主要更改。首先，EDM使用mosdepth计算外显子的覆盖率，并出于性能原因对算法进行近似选择参考面板。 EDM使用并行运行管道（计数读取和变量调用）。 步骤1：设定环境 EDM取决于包括R软件包在内的几种软件工具。 我们使用conda

  3. 所属分类：其它

  1. pmbcl_exomes：用于分析PMBCL外显子组数据集的脚本-源码

  2. 原发性纵隔B细胞淋巴瘤（PMBCL）外显子组 学习规划 95个肿瘤样本 21个匹配法线 对所有样品进行整体外显子组测序（平均115倍） 变体调用 使用配对分析分析具有匹配正常值的肿瘤样品。 对于未配对的样本，将肿瘤与合并的正常个体（21个正常个体中的10个降低采样并合并）匹配。 下列调用者用于确定体细胞核苷酸变异体和插入缺失： VarScan 多功能 斯特雷卡 MutSig识别明显突变的基因 复印号码检测 CNVkit GISTIC识别重要的重复和缺失

  3. 所属分类：其它

  1. 角外-源码

  2. 外显子1 该项目是使用版本10.0.5生成的。 开发服务器 为开发服务器运行ng serve 。 导航到http://localhost:4200/ 。 如果您更改任何源文件，该应用程序将自动重新加载。 代码脚手架 运行ng generate component component-name生成一个新的组件。 您还可以使用ng generate directive|pipe|service|class|guard|interface|enum|module 。 建造 运行ng build来构建

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：160kb
    • 提供者：weixin_42146230

  1. 嗜血杆菌科基因组学-源码

  2. 蚁鸟（Thamnophilidae）全基因组比对的比较分析 工作正在进行中。 GA Bravo（ ）和SV Edwards（ ）。 哈佛大学。 该存储库将广泛包含用于以下分析的脚本。 上载脚本时，这些类别可能会更改或重新定义。 基因组组装（TBA） 基因组质量评估（TBA） 基因组注释（TBA） 使用渐进仙人掌（TBA）进行全基因组比对 为USCS基因组浏览器（TBA）创建跟踪中心 检测蚂蚁中的保守区（TBA） 使用PhyloAcc分析保守的非外显子区（CNEE）的加速度 蛋白质

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：15kb
    • 提供者：weixin_42134537

  1. 卷云-源码

  2. 卷云NGS 针对全基因组/全外显子组DNA-Seq中RNA-seq，miRNA-seq，ChIP-seq，RNAEditing和变体调用的云优化主分析管道。 介绍 大规模下一代测序（NGS）数据的仿生分析需要大量的计算资源。 尽管云计算按需提供了这样的处理能力，但是动态计算集群的管理对于大多数正在工作的生物学家来说是艰巨的任务。 为了解决这个难题，加利福尼亚大学圣地亚哥分校的计算生物学和生物信息学中心开发了Cirrus-NGS，这是使用Amazon Web Services（AWS）进行常见N

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：402kb
    • 提供者：weixin_42135753

  1. haptreex：单倍型移相器，用于下一代测序数据-源码

  2. 堆树X HapTree-X是一种计算工具，可以分阶段各种下一代测序数据。 目前，它支持全基因组，全外显子组，10X基因组学和RNA序列数据。 它对RNA-seq数据特别有用，因为它可以利用等位基因失衡来获得更好的相位基因区域。 安装 HapTree-X二进制文件在下可用于Linux和macOS。 建筑 要从头开始构建HapTree-X，您将需要最新版本的和 （通常随LLVM一起提供）。 然后，发出make生成HapTree-X。 生成的二进制文件将位于build/haptreex 。 用法

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：42kb
    • 提供者：weixin_42100971

  1. 外显子-源码

  2. 外显子 / src-脚本 / data-原始输入数据 / output-数据输出 / notebbok-Jupyter笔记本，rmds

  3. 所属分类：其它

  1. diffUTR：diffUTR R软件包简化了差异外显子使用情况（DEU）分析，并利用现有的DEU工具和替代的聚腺苷酸位点数据库来进行差异3'UTR使用情况分析-源码

  2. diffUTR 简化差异外显子和3'UTR使用情况分析 diffUTR R软件包可简化差异外显子使用情况（DEU）分析，并利用现有的DEU工具和替代的聚腺苷酸位点数据库来进行差异3'UTR使用情况分析。 ， 尤其是包提供了流行的基于bin的DEU方法。 但是，对于没有经验的用户来说，使用它们并不容易，其结果通常很难解释。 因此，我们开发了一种简单的工作流程（图1A），可用于这三种方法中的任何一种，但可以标准化输入和输出。 尤其是，bin批注和量化以及不同的使用结果都存储在，这有助于数据存储和

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：794kb
    • 提供者：weixin_42143221

  1. wes_pipeline_on_hg19：单样本整个外显子组测序比对注释流水线-源码

  2. sswesap 单样本全外显子组测序比对/注释流程

  3. 所属分类：其它

  1. hugedb_framework_code_example：Markdown文档，其中涉及分子生物学方法中使用VastDB框架的案例-源码

  2. VastDB案例示例：哺乳动物中保守的Srrm4目标的鉴定和表征 本文档是《使用浩瀚工具和VastDB框架进行可变剪接的计算分析》一书的随附书。 在那里，我们展示了如何使用broadDB框架中的工具和资源（参见下图）（i）使用RNA序列数据（）量化AS并鉴定差异剪接的AS事件，（ii）执行多个基因组以及对AS事件集进行序列分析（ ），（iii）识别物种间具有基因组和法规保守性的AS事件（ ），以及（iv）帮助对结果进行生物学解释，最终鉴定设计湿实验室实验的有趣的AS事件（ 和 ）。 Vas

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-11
    • 文件大小：17mb
    • 提供者：weixin_42123237

  1. sita_eisa-源码

  2. 使用EISA的SITA分析管道 使用选定实验条件的外显子-内含子分裂分析（EISA）进行成对比较可视化和应力诱导转录衰减（SITA）分析的管道。 该管道使用编写，并具有Python和R脚本，适合与HPC系统一起使用。 目录 待定 背景 SITA是在压力诱导后细胞中快速诱导的过程，引起全局转录变化，其中下调的基因比例远大于此过程中上调的基因比例。 待定 <<<<<<< HEAD 建立 剧本 待定 目录结构 由于该管道旨在在每次运行时处理单个GSE的所有选定

  3. 所属分类：其它

  1. mosdepth：用于WGS，外显子组或靶向测序的快速BAMCRAM深度计算-源码

  2. 快速的BAM / CRAM深度计算的WGS ，外显子组或靶向测序。 mosdepth可以输出： 每个碱基的深度约为快速samtools depth 2 samtools depth -30倍基因组的CPU时间约为25分钟。 给定窗口大小的平均每个窗口深度-用于CNV调用。 给定区域的BED文件的平均每个区域。 给定窗口大小的平均或中位数每区域累积覆盖率直方图 每个染色体和全基因组的指定阈值以上的碱基所占比例的分布。 合并相邻碱基的量化输出，只要它们落入相同的覆盖区域即可，例如（10-

  3. 所属分类：其它

  1. exocore：分布式专用应用程序框架-源码

  2. 外显子 警告：Exocore处于开发的早期阶段，因此不完整，不稳定并且可能完全不安全。 使用风险自负。 Exocore是具有私有和加密数据存储的分布式应用程序框架。 可以将其视为一种基础结构，该基础结构允许用户拥有自己的个人云，该云可以通过WebAssembly应用程序进行扩展，并可以通过Web / Mobile SDK进行访问。 它旨在抵御故障，允许脱机使用（例如：在移动设备上）。 Exocore主要是为构建的， 是与该项目并行构建的个人知识管理工具。 Exocore是Exomind的应

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：450kb
    • 提供者：weixin_42134051

  1. exonum：一个可扩展的开源框架，用于创建私人许可的区块链应用-源码

  2. 外显子 状态： 项目信息： 社区： 是用于创建链应用程序的可扩展开源框架。 Exonum可用于在几乎任何问题域（包括FinTech，GovTech和LegalTech）中创建由密码驱动的分布式分类帐。 Exonum框架旨在创建许可的区块链，即具有已知的一组区块链基础设施提供商的区块链。 如果您在项目中使用Exonum，并且希望在我们的网站和GitHub列表中列出，请给我们写信至 。 内容 这是Exonum的主要存储库，其中包含Exonum中使用的大量Rust板条箱。 Exonum的

  3. 所属分类：其它

« 12 »