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搜索资源列表

  1. bioinf-commons:Kotlin中的生物信息学图书馆-源码

  2. 生物常见病 生物信息学图书馆。 内容 org.jetbrains.bio.dataframe像org.jetbrains.bio.dataframe大熊猫 org.jetbrains.bio.experiment命名计算-实验和资源配置 org.jetbrains.bio.genome用于基因组，序列，基因，本体等的API。 containers -基因组位置集API coverage -基因组覆盖率API，配对/单端，片段大小估计 data -描述任何种类的数据集资源，包括重复数据 for

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  1. Longevity-源码

  2. 项目概况 关于人类寿命GWAS的两个样本孟德尔随机分析，研究了与长寿结果相关的新的和已知的暴露关系。 测试添加到rsID映射分支 A.接触 可从以下目录从mrbase.org网站获得曝光 NHGRI-EBI GWAS目录 MR BASE GWAS目录 基因表达QTL 蛋白质水平QTL 代谢物水平OTL 甲基化水平QTL B.结果 从CPMC获得的成果数据已被Deelen等人（2019（ ））和UK Biobank使用。 英国生物库研究 皮林等。 PMID：29227965。人类寿命：在38

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  1. miRDriver:用于推断癌症中拷贝数衍生的miRNA基因网络的计算工具-源码

  2. miRDriver R包miRDriver使用GISTIC识别频繁畸变的区域，并计算两个患者组之间的差异表达基因，即频繁畸变组和非频繁畸变组。 利用拷贝数畸变，DNA甲基化，基因表达，转录因子表达和miRNA表达数据集，miRDriver应用了基于LASSO的方法来选择miRNA与靶标基因的相互作用。 我们对来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库的乳腺癌和卵巢癌数据进行了miRDriver测试。 请遵循R文件夹中的源代码。 miRDriver正在建设中，将作为Bioconductor R软件

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  1. PMDfinder:从全基因组亚硫酸氢盐测序数据中识别部分甲基化结构域的管道-源码

  2. PMD查找器 从全基因组亚硫酸氢盐测序数据中识别部分甲基化结构域的管道 朱一惠 运行PMDfinder： 首先以DSS文件格式准备WGBS数据。 DSS档案格式： 输入文件应按每个样本和每个染色体进行拆分。 格式应为DSS，它是一个制表符分隔的文本文件，具有4列：染色体（chr），位置（pos），总读数（N）和甲基化读数（X）（请参见下文）。 chr pos N X chr21 5013971 1 1 chr21 5014046 1 1 chr

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    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：74kb
    • 提供者：weixin_42137723

  1. GeneDMRs:GeneDMRs是一种R软件包，用于检测基于基因，基因体，CpG岛以及与CpG岛特征相互作用的基因体的差异甲基化区域-源码

  2. 基因DMR 基于基因的差异甲基化区域分析 入门 描述 GeneDMRs是一个R软件包，用于检测基于基因（DMG），基因体（DMP，DME，DMI），CpG岛和与CpG岛特征（例如DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛和DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛岸）。 依存关系 使用注释数据集进行丰富，例如鼠标的“ org.Mm.eg.db” if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) instal

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    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：66mb
    • 提供者：weixin_42121725

  1. horvath-2013-clock-源码

  2. 预测年龄：两性之间的DNA甲基化时钟差异 总结步骤： 1运行GEOquery.seq以下载训练和测试数据集的样本。 2运行common_methylation_ids.seq以从所有登录样本中获取通用ID。 3在每个登录名上运行preprocessing.seq以创建训练文件。 4使用包含您的训练文件的文件夹运行elasticnet_train.seq。 5通过运行fast_coef_check.seq检查学习的系数，然后选择适当的精度以选择重要的系数。 6使用check_betas

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    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：23mb
    • 提供者：weixin_42118770

  1. bacannot:用于原核基因组注释的通用管道-源码

  2. 细菌注释（bacannot）管道 Bacannot是易于使用的基于docker的nextflow管道，该管道采用最新软件进行原核基因组注释。 它是围绕几种工具的包装，使您可以更好地了解原核基因组。 它用： 用于通用注释 rRNA预测的 用于在多基因座序列类型（ST）中进行分类的 for KO批注 用于绘制KO注释 用于甲基化注释 用于基因组浏览器生产 的注释合并 用于绘制基因组岛 用于抗菌基因注释的 ， ， 和 数据库， 和用于序列和基因预测 用于基因组岛预测 用于计算机质粒检测的和

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  1. Master---Topic-Modeling-:我的主项目-源码

  2. 大师-主题建模 添加了公共仓库。 设计用于国际癌症基因组协会的甲基化基质，并带有适当的元数据。

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    • 发布日期：2021-03-04
    • 文件大小：10kb
    • 提供者：weixin_42153691

  1. SingleMoleculeFootprinting：用于SMF数据分析的R包-源码

  2. 单分子印迹 介绍 SingleMoleculeFootprinting是围绕构建的R软件包，专门用于分析单分子足迹（SMF）数据。 SMF是在开发的一种高通量测序技术。 它包括使用外源甲基转移酶在GpC和CpG环境中标记可及的基因组胞嘧啶，以及随后进行的亚硫酸氢盐测序（BS）。 因此，受DNA相互作用蛋白（例如TF，核小体，GTF等）结合保护的胞嘧啶将被甲基化，而可及的胞嘧啶将被甲基化。 使用本程序包，我们提供了从对齐的bam文件到单个站点结果的生物学解释，执行基本SMF数据分析的功能。 前

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  1. 甲基化-源码

  2. 甲基化

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  1. 肺结节-源码

  2. 更新： 2020/01/01：基于cfDNA的循环多组学功能有助于准确预测肺结节恶性肿瘤 11/26/2019：甲基化数据审查和机器学习方法收到AUC = 0.8

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  1. 重复基因进化过程中的DNA的甲基化特征-源码

  2. 标题 s 被子植物重复基因进化的DNA甲基化特征 Sunil Kumar Kenchanmen Raju（第一作者），S。Marshall Ledford，Chad E. Niederhuth（通讯作者） 该存储库用于文件的脚本和已处理数据： 如果您在此处使用任何资源，请引用本文。 所有分析均在密歇根州立大学高性能计算集群（HPCC）上执行 要重现分析，请按照下列步骤操作： 注意1：此分析假设您将使用Anaconda，并且我已提供yml文件来轻松创建重复分析的环境。 1）克隆这个gi

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  1. 甲基化-源码

  2. 甲基化

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    • 发布日期：2021-02-19
    • 文件大小：563kb
    • 提供者：weixin_42136477

  1. 甲基化组的顺式mQTL映射协议-源码

  2. 胎盘甲基化的Cis-mQTL映射协议 在此GitHub存储库中，您将找到由巴斯克地区大学（UPV / EHU）的免疫遗传学研究实验室（IRLab）精心设计的协议，该协议可使用命令行程序FastQTL映射胎盘顺式mQTL。 一方面，自述文件中提供了所有使用的命令和脚本，但请注意，您需要自定义其中一些命令，主要是从RStudio而不是从命令行执行的Rscr ipts。 另外，在管道中，我们将为输出创建新目录，但是您应该始终从它们外部进行工作！ 看看的。 另一方面，在Wiki中，您将找到每个步骤的详

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    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：169kb
    • 提供者：weixin_42162978

  1. 回声甲基-源码

  2. 此文件夹包含HPC NYU Langone Bigpurple（SLURM）的Shell和R脚本 项目：ECHO_EWAS甲基化数据 此处的脚本适用于目标亚硫酸氢盐测序（Methyl-Seq），这是下一代测序技术，用于通过在测序之前用亚硫酸氢钠处理DNA来提供甲基化C的单碱基拆分状态。 分析工作流程 质量控制分析：FASTQC 比对：DRAGEN甲基化管道3.2.8执行比对，甲基调用，并基于BisMark计算比对和甲基化指标 注释和差异甲基化分析：MethylKit（hg38）（请参阅Met

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  1. IDOL：识别最佳DNA甲基化文库（IDOL）-源码

  2. 偶像 识别最佳DNA甲基化文库（IDOL） ＃安装 devtools :: install_github（“ immunomethylomics / IDOL”） 图书馆（IDOL） IDOL优化

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    • 发布日期：2021-02-14
    • 文件大小：22kb
    • 提供者：weixin_42104906

  1. 甲基化数据：用于存储来自博士分析的脚本和表格的存储库-源码

  2. 甲基化数据 该存储库包含用于分析四种黑色素瘤细胞系的ERRBS实验的甲基化数据的所有脚本。 它还包含来自实验的结果处理表。 它还包含用于分析数据的脚本，以及从同一细胞系的RNA序列获得的脚本和表格。 单元格是： 黑色素-非致瘤性黑色素细胞 4C-恶性前黑素细胞 4C11--非转移性黑色素瘤细胞 4C11 +-转移性黑色素瘤细胞 将所有细胞系提取为三个生物学重复。 成对比较用字母A到F表示，其中： 答：黑色素对4C B：4C与4C11- C：4C11-与4C11 + D：黑色素vs

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    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：252mb
    • 提供者：weixin_42104947

  1. chm13_meth：chm13装配体中chrx的甲基化分析-源码

  2. chm13_meth chm13装配体着丝粒与整个染色体的甲基化分析 依存关系 knitr tidyverse bsseq Biostrings GenomicRanges Rsamtools Sushi纳米Kong-甲基化实用程序 生成输入文件 调用甲基化染色体 nanopolish call-methylation -t 8 -r albacore_output.fastq -b albacore_output.sorted.bam -g reference.fasta -w "chr8"

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    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：13mb
    • 提供者：weixin_42142062

  1. iDRW：使用定向随机游走的基于网络的多层路径活动推断-源码

  2. 灾难恢复 iDRW是一种在图上使用定向随机游走的综合路径活动推断方法。 它整合了多个基因组图谱，并使用基于途径的整合基因-基因图将它们转变为单个途径图谱。 安装 library( devtools ) install_github( " sykim122/iDRW " ) 入门 1.加载iDRW软件包 library( iDRW ) 试试我们的样本数据（TCGA膀胱癌数据集）和基于KEGG通路的基因-基因图 data( " data_BLCA " ) data_BLCA包含具有三个基因组图谱

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    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：25mb
    • 提供者：weixin_42100032

  1. MethylHMM：DNA甲基化数据的隐马尔可夫模型-源码

  2. 甲基HMM 此处的代码为使用发夹硫酸氢盐PCR技术收集的双链DNA甲基化数据实现了隐马尔可夫模型（HMM）。 我们的分析将新的隐式马尔可夫模型（HMM）拟合到观察到的数据，考虑到潜在的亚硫酸氢盐转换错误，并得出对DNA甲基转移酶（例如，哺乳动物中的DNMT1，DNMT3A和DNMT3B）的加工能力和底物特异性进行量化的参数的统计估计。 参考： Audrey Q. Fu，Diane P.Genereux，ReinhardStöger，Alice F.Burden，Charles D.Lair

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