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  1. 马斯特2021-源码

  2. 马斯特2021 大纲 用于分析MAESTER数据的脚本集合。 此大纲（也是本文的补充图5）显示了如何使用脚本。 1_预处理 过滤细胞条形码（CB），并从Read 2 fastq的读取ID中的Read 1 fastq生成具有CB和唯一分子标识符（UMI）的fastq文件。 assembleFastq.PvG210215.R 对齐后，获取bam文件，并将读取的ID中的CB和UMI添加为bam标签。 Tag_CB_UMI.PvG191004.sh 通过执行额外的QC并生成野生型/突变细胞表来处理I

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：332800
    • 提供者：weixin_42120541

  1. facets：在Costello实验室外显子组数据上运行FACETS（https：github.commskccfacets）的脚本-源码

  2. 面包装 在Costello实验室外显子组数据上运行FACETS（ ）的脚本 制作运行配置文件：在最新版本的配置文件上运行create_input_snp_pileup.py，然后将其子集化，以仅包含您关心的患者。 运行：要同时执行所需的上游分析和FACETS本身运行，请运行命令“ qsub -l vmem = 20gb run_snp-pileup.sh”，该命令将使用snp_pileup_input.txt（您在其中创建的配置文件）中指定的bam文件。步骤1），对它们进行堆积，然后对每个肿

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：4096
    • 提供者：weixin_42120997

  1. genozip：用于基因组文件（FASTQ，SAMBAM，VCF，FASTA，GVF，23andMe ...）的压缩器，比gzip压缩多达5倍，并且速度也更快-源码

  2. Genozip （可在Conda ， Docker Hub和） Genozip是一种用于基因组文件的压缩器-虽然它可以压缩任何文件（即不仅是基因组文件），但它经过优化可以压缩FASTQ，SAM / BAM / CRAM，VCF / BCF，FASTA，GVF，Phylip和23andMe文件。 如果它们已经使用.gz .bz2 .xz进行压缩，它甚至可以对其进行压缩（有关受支持的文件类型的完整列表，请参见'genozip --help = input'）。 压缩率取决于要压缩的数据，通常，压缩

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：3145728
    • 提供者：weixin_42150341

  1. sra-comparator：一个比较各种短读对齐器的项目-源码

  2. 短读对齐 耐克·帕特尔 方法 该项目将探索Martin和Wang [3]描述的各种剪接感知的短读比对仪。 对齐器为STAR，TopHat，GSNAP，SpliceMap和MapSplice。 因为我们正在比较比对仪，所以将采用基于参考的策略进行转录组装配。 这五个对齐器以BAM或SAM格式输出，使其成为比较的理想选择。 该项目在使用i7处理器上的8核Linux环境中进行。 在此存储库中运行脚本之前，请考虑您正在使用的基因组的大小。 样本数据 该项目的测试涉及使用FASTQ文件形式的papida

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：7168
    • 提供者：weixin_42135073

  1. size_dist-源码

  2. size_dist.py 计算来自fastq和bam文件的读取大小分布。 安装 size_dist.py是依赖库的python3可执行脚本。 要安装，请使用pysam创建一个包含pysam的环境，然后将size_dist.py脚本添加到该环境的bin /中。 首先，使用miniconda安装conda。 上的说明非常适合开始安装conda / miniconda。 接下来，创建并激活一个pysam环境以容纳pysam和size_dist.py 。 conda conda config命令确

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：4096
    • 提供者：weixin_42122986

  1. 文件创建者：WIP：桌面应用程序，用于使用提供的工作数据填充工程文档-源码

  2. 文件创建者 所以（听我说）将有一个表格，您将填写它，而BAM有您的文件。 我想有机会玩Typescr ipt和Electron-我们在这里:) 这是给我父亲的，他是结构工程师-但是我希望一旦为他工作，我也许可以使它更具活力和可恢复性。 但是现在：一堆重要的文档需要在工作编号+名为文件夹的工作名称中包含工作编号，客户名称，地址等。 每100个作业应位于一个新文件夹中，即21000-21099。 21是一年。 我最初毕业于EDA时是从JS开始这个项目的。 那里可能有一些有用的代码，但是大多数

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：84992
    • 提供者：weixin_42128315

  1. rust-bio-tools：基于Rust-Bio的一组命令行实用程序-源码

  2. Rust生物工具 一套基于Rust-Bio的超快速和强大的命令行实用程序，用于生物信息学任务。 Rust-Bio-Tools提供了一个命令rbt ，该命令当前支持以下操作： 两个vcf / bcf文件的模糊匹配的线性时间实现（ rbt vcf-match ） 一个vcf / bcf到txt转换器，可灵活地选择标签并正确处理多等位基因位点（rbt rbt vcf-to-txt ） 线性时间轮询FASTQ拆分器，用于将给定的FASTQ文件拆分为给定数量的块（ rbt fastq-split

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42143806

  1. chm13_meth：chm13装配体中chrx的甲基化分析-源码

  2. chm13_meth chm13装配体着丝粒与整个染色体的甲基化分析 依存关系 knitr tidyverse bsseq Biostrings GenomicRanges Rsamtools Sushi纳米Kong-甲基化实用程序 生成输入文件 调用甲基化染色体 nanopolish call-methylation -t 8 -r albacore_output.fastq -b albacore_output.sorted.bam -g reference.fasta -w "chr8"

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：13631488
    • 提供者：weixin_42142062

  1. neoantigen-dev：WESWGS的新抗原预测-源码

  2. 新抗原开发 IM5 / IM6 / WES / WGS的MHC I类新抗原预测管道。 取正常.bam和体细胞.maf并生成HLA-A / B / C的新抗原预测。 管道有四个主要步骤： 基因型HLA 。 使用POLYSOLVER进行基因分型。 构建突变的肽。 对于非同义突变，基于HGVSc生成突变的肽序列。 注意：应该使用cmo_maf2maf --version 1.6.14 --vep-release 88使用此EXACT VERSION对.maf文件进行VEP注释。 TODO：生成融

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：14336
    • 提供者：weixin_42148975

  1. crosscheckFingerprints：WDL密码运行示例交换检测工具-源码

  2. crosscheck指纹 使用Picard 一组文件中的所有遗传数据是否看起来都来自同一个人 总览 依存关系 用法 克伦威尔 java -jar cromwell.jar run crosscheckFingerprints.wdl --inputs inputs.json 输入项 必需的工作流程参数： 参数 值 描述 inputs 数组[文件] 要指纹的SAM / BAM / VCF文件列表。 haplotypeMapFileName 串 列出一组SNP的文件名，可以选择将其排列

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：7168
    • 提供者：weixin_42137028

  1. DDNetPP：基于deen＆Contributors（www.ddnet.tw）的DDraceNetwork，它基于出色的teeworlds游戏（www.teeworlds.com）-源码

  2. 基于DDNet：我们自己的DDRace版本，一种Teeworlds模组。 有关更多信息，请参见。 下载适用于macOS / linux / windows的DDNet ++ 0.0.7版。 建造 DDNet ++支持在macOS，Linux和Windows上构建bam4，bam5和cmake。 在bam或cmake之间进行选择。 如果您想了解更多建筑信息，请随时查看和自述文件。 由于DDNet ++是这些存储库的分支，因此其中可能包含有价值的信息。 m Linux / macOS 设置ba

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：33554432
    • 提供者：weixin_42117224

  1. circRNA：circularRNA检测-源码

  2. 环RNA 该circularRNA检测管道并行使用CIRCExplorer2和CIRI2来检测，定量和注释circRNA。 这是v0.3.3的流程图： 版本/发行要点 v0.1.0 基本版本 仅支持PE v0.2.x SE支持增加了.. PE / SE样本同时处理 envmodules使用的envmodules代替了module load语句 v0.3.x 从hg38到hg19 circRNA注释的查找表已更新...这消除了先前版本中的一对多点击 BSJ被提取为不同的bam文件。 流程

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42138545

  1. vartovcf：将VarDictVarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式-源码

  2. 伐他夫 将VarDict / VarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式。 ❯ VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict \ -b input.bam \ -G /references/hg38.fa \ -N dna00001 \ -c1 -S2 -E3 -g4 -f0.05 \ --fisher \ calling-intervals.bed \ | vartovcf -r /

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：1813213
    • 提供者：weixin_42166105

  1. bioinformatics_util：Morrison实验室的常用脚本和工具-源码

  2. bioinformatics_util 草案 该.R包含R中所有常用的数据处理和分析功能。 plot_scr ipt 该目录包含示例draft.R的用法，以及R中的绘图/处理脚本。 align.py 该python3脚本用于使用bowtie2，bwa，STAR和hisat2对齐单端/成对的fastq文件。 相应地更改fastqs，alliger和slurm作业详细信息路径的标题。 runMELT.py 此python3脚本用于为目录中的所有.bam文件提交单独的slurm作业 。 trad

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：weixin_42103587

  1. 核心：用于读取和写入基因组数据的Python和C ++代码-源码

  2. 核 Nucleus是一个Python和C ++代码库，旨在使您可以轻松读取，写入和分析常见基因组文件格式（如SAM和VCF）的数据。 此外，Nucleus支持与TensorFlow机器学习框架的轻松集成，因为在消耗或产生基因组文件的任何地方，都可以使用TensorFlow tfrecords文件代替。 讲解 请查阅有关教程。 这是一本Python笔记本，真正展示了Nucleus在整合多种文件类型（BAM，VCF和Fasta）中的信息并将其转变为TensorFlow可用形式时的强大功能。 轮询 以

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-06
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42157188

  1. 激光雷达探测反演PM2.5浓度的精度研究

  2. 给出了355 nm激光雷达与布设在中国科学院大气物理研究所325 m铁塔上的BAM-1020颗粒物监测仪对比观测实验的结果，通过2011年9月21日至10月21日一个月的对比实验发现，激光雷达探测的气溶胶消光系数与实测的PM2.5浓度之间存在较好的相关性。利用线性回归模型建立消光系数与颗粒物浓度之间的关系式，并通过铁塔实测的PM2.5浓度对该关系式在垂直高度上的反演精度进行研究。结果显示，在63，80，120，160 m高度处雷达反演的PM2.5与实测值之间的相关系数分别为0.9447，0.93

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-06
    • 文件大小：3145728
    • 提供者：weixin_38704485

  1. trackhub-registry：TrackHub注册表的规范和实现-源码

  2. Trackhub注册中心 该存储库包含TrackHub注册表的规范和实现。 TrackHub是一项允许将大规模基因组数据集有效集成到现代基因组浏览器中的技术。 TrackHubs表示一种通过单个可附加URL（统一资源定位符）整理相关数据集以呈现为单个实体的方式。 这些数据集以二进制索引文件格式（例如bigBed，bigWig，BAM，VCF）提供，支持部分下载和缓存，从而大大提高了DAS的性能。 它们可以托管在简单的HTTP或FTP服务器上，从而降低了设置和维护成本。 UCSC和Ensemb

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：103809024
    • 提供者：weixin_42110070

  1. deepvariant：DeepVariant是一个分析管道，使用深度神经网络从下一代DNA测序数据中调用遗传变异-源码

  2. 深变体 DeepVariant是一个基于深度学习的变体调用程序，它接受对齐的读取（BAM或CRAM格式），从中读取堆积图像张量，使用卷积神经网络对每个张量进行分类，最后将结果报告为标准VCF或gVCF文件。 DeepVariant支持二倍体生物中的种系变异调用。 或NGS（Illumina）数据。 PacBio HiFi数据，请参阅。 混合PacBio HiFi + Illumina WGS，请参阅。 牛津纳米Kong使用长期读取数据。 通过使用的GenapSys数据。 另请注意

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：32505856
    • 提供者：weixin_42105816

  1. parse-price：将价格文本解析为货币和价值-源码

  2. 解析价格 将价格文本解析为货币和价值。 "US$238.27" --> { currencyCode: 'USD', value: 238.27 } "221,81 €" --> { currencyCode: 'EUR', value: 221.81 } 支持的货币：AED，BAM，BGN，CHF，CZK，DKK，EUR，GBP，GEL，HRK，HUF，ILS，LVL，MKD，NOK，PLN，RON，RSD，RUB，SEK，UAH，USD 不支持：BHD，IQD，JOD，

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：52224
    • 提供者：weixin_42139871

  1. AllTheHaxx：踢进去！ —-源码

  2. AllTheHaxx〜[0x539] AllTheHaxx。 保证是420％verkeckt！ 我们对2D 流行的客户端修改的风格。 查看我们的以获取更多信息。 开发讨论发生在Quakenet（ Webchat）上的#AllTheHaxx上。 您可以从获取二进制版本。 建造 要自己编译AllTheHaxx，您可以按照的。 确保满足DDNet客户端（在下面列出）的所有要求 AllTheHaxx需要附加的库，这些库已捆绑到最常见的平台（Windows，Mac，Linux，所有x86和x86

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-03
    • 文件大小：96468992
    • 提供者：weixin_42179184
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