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搜索资源列表

  1. DEST-AglyPoolseq:这是DEST存储库的修改版本。 它包含用于映射管道的已修改脚本-源码

  2. DEST-AglyPoolseq 修改后的脚本，用于DEST数据集的映射和质量控制。 修改了管道和Dockerfile以与Aphis甘氨酸基因组一起使用。 元数据 populationInfo\ ：具有来自现场和实验室人口的补充数据。 PoolSeq映射管道 mappingPipeline\ ：包含dockerized映射管道。 下载数据，生成bam文件，过滤器文件，gSYNC文件 合并DGN数据 add_DGN_datda\ ：下载，格式化DGN数据，并将其转换为gSYNC格式。 未在该项目

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-26
    • 文件大小：376438784
    • 提供者：weixin_42138525

  1. Ninslash:Ninslash-开源2D平台游戏动作游戏-Game source platform

  2. 在Windows中编译所需工具： 1.安装所有内容2.编译Bam（运行make_win32_msvc.bat） 3.在Ninslash根文件夹中打开控制台（cmd） 4.定义Visual Studio环境（％comspec％/ k“” C：\ Program Files（x86）\ Microsoft Visual Studio 10.0 \ VC \ vcvarsall.bat“” x86） 5.运行Bam（c：\ bam \ bam版本） 如果您使用的是UNIX，请查看可能会有所

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-25
    • 文件大小：32505856
    • 提供者：weixin_42139252

  1. bioinf-commons:Kotlin中的生物信息学图书馆-源码

  2. 生物常见病 生物信息学图书馆。 内容 org.jetbrains.bio.dataframe像org.jetbrains.bio.dataframe大熊猫 org.jetbrains.bio.experiment命名计算-实验和资源配置 org.jetbrains.bio.genome用于基因组，序列，基因，本体等的API。 containers -基因组位置集API coverage -基因组覆盖率API，配对/单端，片段大小估计 data -描述任何种类的数据集资源，包括重复数据 for

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-22
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42133969

  1. nf-core-umi_preprocessing-源码

  2. 一个开放源代码管道，用于准备umi fastqs进行变体检测。 介绍 nf-core / umipreprocessing是一种生物信息学最佳实践分析管道，用于为umi fastqs的变体调用准备bam文件 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 快速开始 安装 安装 ， 或任何一个以实现完整的管道重现性（请仅将作为最后的手段；请参阅 ） 下载管道并使用单个命令在最小数据集上对其进行测试：

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-22
    • 文件大小：94208
    • 提供者：weixin_42132352

  1. snn_angular_velocity:尖峰网络的基于事件的角速度回归-源码

  2. 尖峰网络的基于事件的角速度回归 这是Mathias Gehrig，Sumit Bam Shrestha，Daniel Mouritzen和的论文《基于事件的带有尖峰网络的角速度回归》的代码。 您可以在找到该文件的pdf文件。如果使用此代码中的任何一个，请引用以下出版物： Article { Gehrig20icra , author = { Mathias Gehrig and Sumit Bam Shrestha and Daniel Mouritzen and David

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：53248
    • 提供者：weixin_42110038

  1. mycosnp-bwa-pre-process:该工作流程使用BWA准备和对齐样品，以使用MycoSNP GATK工作流程进行变体调用-源码

  2. MycoSNP：BWA预处理 概述 该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流，该工作流由十个步骤组成： 如果提供了多个通道，则合并FASTQ文件通道。 使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。 修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。 对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。 使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。 使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。 使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁B

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：28672
    • 提供者：weixin_42128963

  1. mapula:在您选择的聚合级别生成映射统计信息-源码

  2. 马普拉 该软件包提供了一个命令行工具，该工具能够解析SAM格式的对齐方式并产生一系列有用的统计信息。 Mapula提供了几个子命令，每个命令都使用--help可以找到详细的用法说明。 安装 可以按照通常的Python传统安装Count mapula： pip install mapula 或通过conda： conda install mapula 用法 $ mapula -h usage: mapping-stats []" Available subcommands are:

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：59392
    • 提供者：weixin_42113380

  1. dxCompiler-源码

  2. dxCompiler采用以或编写的管道，并将其编译为DNAnexus平台上的等效工作流。完全支持WDL草稿2以及版本1.0和1.1，而WDL 2.0（又名“开发”）和CWL 1.2支持正在积极开发中。 设置 先决条件： 帐户 Java 8+ python 2.7 / 3.x。 确保已安装dx-toolkit CLI，并使用dx login对其进行了初始化。从页面下载最新的编译器jar文件。 工作流程示例 bam_chrom_counter工作流程是用WDL编写的。任务slice_bam将ba

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-20
    • 文件大小：992256
    • 提供者：weixin_42163404

  1. UOC-Master-源码

  2. UOC大师 2020年2021年2月15日在马克·诺盖拉·厄瓜多尔进行的生物信息学研究和生物信息学硕士论文发布shot弹枪合作伙伴 19/2/21 头等奖：Creaciónde Teams。 26/2/21 圣经评论：在达托斯的抵抗和抵抗运动中脱颖而出。 5/3/21 教程Groot（快速阅读basado）：descarga de secuencias del教程。 Instalación德RGIŸARIBA（basado EN从头组装）。 12/3/21 乌鲁特·德·格鲁特的基础知识·

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-20
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42122340

  1. popHap_simulations:运行模拟以进行人口单体型-源码

  2. 模拟 此仓库的目的是允许用户在一系列多样性条件下模拟我们的“人口单体型”管道。我们在此使用的重点示例来自Heliconius erato系统。 从广义上讲，此模拟方案创建了一组具有不同单倍型的二倍体个体，并允许它们之间进行重组。然后，它针对每个单倍型模拟短读（具有罕见的测序错误），并针对规范的参考基因组装配进行映射。一个单独的Perl脚本将模拟分子（每个分子均由beadTag的SAM标签“ BX”标记），然后从映射的读取集（作为BAM文件）中进行选择，以形成链接的读取。然后将成对的带有BX标签的

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：153600
    • 提供者：weixin_42134234

  1. gatk-sv-源码

  2. GATK-SV 用于Illumina短读全基因组测序（WGS）数据的结构变异发现管道。 目录 原始呼叫者和证据收集 批量质量控制 -gCNV模型创建 批量证据合并，BAF生成和深度调用者 网站集群 网站指标 过滤 跨批次站点合并 基因分型 基因型优化（可选） 跨批次集成，复杂事件解决和VCF清理 下游过滤 注释 质量控制和可视化 附加模块-Mosaic和de novo 部署和执行： 一个帐户。 支持（WDL）的流执行系统，可以： （v36或更高版本）。强烈建议使用专用服务器。 或 （请注意，此平

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：15728640
    • 提供者：weixin_42112894

  1. resolwe-bio-py:Resolwe生物信息学Python API-源码

  2. 适用于Python的Resolwe SDK 适用于Python的Resolwe SDK支持与服务器及其扩展交互。您可以使用它来上载和检查生物医学数据集，添加注释，运行分析以及编写管道。 文件与说明 阅读的详细说明。 安装 从PyPI安装： pip install resdk 如果您使用macOS，请注意的版本 ，这是连接到任何genialis.com服务器（可能还有其他服务器）所必需的。要解决此问题，请或安装最新版本的Python 3.6+。 如果您想为SDK代码库做出贡献，请遵循的。 快速开

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：247808
    • 提供者：weixin_42101720

  1. briscoe-nf-tobias:Tobias分析工具的Nextflow包装器-源码

  2. 布里斯科-nf-托比亚斯 Joaquinas的分析管道与Tobias分析工具一起使用 管道轮廓 管道运行的不同步骤。有关每个步骤的详细说明，请访问其 。 给定一个设计文件，一个主题文件和映射文件（bam格式），它将在所有条件下运行TOBIAS的ATACorrect，ScoreBigwig，BINDetect，并且将为文件中的每个主题生成经过校正插入的PlotAggregate元图。 用法 可以在以下示例中运行管道： nextflow run luslab/briscoe-nf-tobias \

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：45056
    • 提供者：weixin_42153615

  1. S3N2Bin-源码

  2. S 3 N 2 Bin（用于宏基因组划分的半监督暹罗神经网络） 注意：此工具仍在开发中。欢迎您尝试一下，并感谢您的反馈，但是请期待一些错误/快速更改，直到它稳定下来。 使用参考基因​​组中的信息进行半监督深度学习的宏基因组划分的命令工具。 安装 S 3 N 2 Bin在Python 3.6-3.8上运行，需要才能从bam文件计算深度。 从源安装 您可以从github下载源代码并按标准安装 python setup.py install 例子 简易的单/共装箱装箱模式 您将需要以下输入： 一个co

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42110362

  1. Somatic-ShortV-源码

  2. 体细胞短V 按照，该存储库中的脚本从BAM文件中调用了体细胞短变体（SNP和indel）。已对工作流和脚本进行了专门优化，以在Gadi国家计算基础架构上高效且大规模地运行。 设置 GRCh38 / hg38 + ALT重叠群 Somatic-ShortV管道与管道无缝。脚本使用相对路径，因此正确的设置很重要。 完成后： 转到创建最终bams的工作目录。 确保您有一个.config文件，该文件是制表符分隔的文件，其中包含#SampleID LabSampleID SeqCentre Libra

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：70656
    • 提供者：weixin_42115003

  1. CMD-images:用于处理Commodore风格的磁盘映像的代码-源码

  2. CMD图像 用于处理Commodore式磁盘映像的代码。 剧本 有实用程序脚本列出磁盘映像的内容，BAM，标题，注入和提取文件，创建磁盘映像等。 处理的格式 1541（D64） 1571（D71）（我认为是只读的） 1581（D81） 2040年（D67） 8050（D80） 8250（D82） 我有9030、9060和9090系列的课程，但我认为它们不能正常工作。 还有一种创建非标准图像容器格式的方法。这存储在X64文件中。 X64标头中的一些未使用字节重新用于存储图像的结构，以便可

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：265216
    • 提供者：weixin_42120275

  1. autonomics-源码

  2. 标题 字幕 自主性 生成和直观的跨平台组学分析 # Install install.packages('remotes') remotes::install_github('bhagwataditya/autonomics', repos = BiocManager::repositories(), dependencies = TRUE, upgrade

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：991232
    • 提供者：weixin_42127835

  1. NxtIRF-源码

  2. NxtIRF NxtIRF使用IRFinder引擎从BAM文件中量化内含子保留和选择性剪接。 具有交互式可视化功能，包括通过剪接连接点水平的条件归一化的RNA-seq覆盖图。 NxtIRF的论文版本 NxtIRF的论文版本可以在以下找到： : 安装 在当前R（> = 4.0.0）上 来自Github的开发版本： library("devtools") install_github("alexchwong/NxtIRF", dependencies=TRUE) 小插图 browseV

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：7340032
    • 提供者：weixin_42140710

  1. BileTools:制作垃圾的工具-源码

  2. Bile工具 制作垃圾的工具 这到底是做什么的？ 加载时修改的所有插件jar文件（maven编译或导出，甚至拖放）都将自动重新加载。 因此，现在您要做的就是敲击“运行”按钮和bam，它们已经存在于游戏中，而无需重新加载，拖动或实际执行任何操作。 Psst ...与多个监控器配合使用效果最佳。 将新插件添加到plugins文件夹后，会将它们热拖放到服务器中 基本上也是plugman。 您可以卸载并重新加载插件。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：106496
    • 提供者：weixin_42101641

  1. 基于反馈网络和反向传播网络的自适应信号降噪

  2. 本文的主要目的是实现某种反馈神经网络模型的自适应信号去噪仿真。 双向联想记忆（BAM）神经网络，离散Hopfield反馈网络（DHN）和反向传播网络（CPN）在外部和最大存储容量之内的条件下进行了讨论。 通过对三种网络进行数据降噪的实验仿真，对实验结果进行比较和分析，结果表明，最大存储容量内的BAM网络和离散Hopfield网络均具有良好的降噪效果，迭代次数少，培训时间少，操作稳定。 CPN对初始权重值敏感，具有良好的降噪效果，但迭代次数更多。 当噪声增加且超出BAM网络或DHN的最大存储容量时

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：384000
    • 提供者：weixin_38730201
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